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Nouvelle étude: les infections à Helicobacter pylori affectent notre petite flore intestinale


L'infection par le germe Helicobacter pylori entraîne une inflammation chronique de la muqueuse gastrique chez toutes les personnes touchées et un cancer gastrique chez certaines personnes infectées. Afin de mieux comprendre l'interaction d'Helicobacter avec la communauté des micro-organismes naturels dans le tube digestif supérieur, des scientifiques du Helmholtz Center for Infection Research (HZI) à Braunschweig ont travaillé en coopération avec la Clinique universitaire de gastroentérologie, d'hépatologie et d'infectiologie de l'Université Otto von Guericke de Magdeburg. (OVGU) a mené une étude conjointe dans le cadre d'un nouveau programme de congé clinique pour promouvoir les jeunes chercheurs.

Des échantillons de patients infectés par Helicobacter de la cavité buccale à l'intestin grêle ont été obtenus par voie endoscopique et examinés pour la première fois en utilisant un séquençage à haut débit basé sur les profils d'ARN en comparaison avec des patients non infectés. Le résultat: chacun montre son propre microbiome très individuel, de la cavité buccale à l'intestin grêle. En cas d'infection par H. pylori, l'agent pathogène domine très rapidement la colonisation microbienne de la muqueuse gastrique et, en raison de ses propriétés particulières, déplace d'autres voisins utiles. En particulier, Helicobacter influence également la composition microbienne à la fois de la cavité buccale et de l'intestin grêle. À l'avenir, ces résultats pourraient conduire à de nouvelles approches pour la prévention et le traitement de cette infection bactérienne la plus courante chez l'homme. Les scientifiques ont récemment publié leurs résultats dans la revue Gut.

Environ 50 pour cent de toutes les personnes dans le monde sont infectées par Helicobacter pylori. Environ 80 pour cent de toutes les personnes infectées ne présentent aucun symptôme. Cependant, l'infection peut également avoir des conséquences mortelles pour les patients, allant du cancer de l'estomac. Environ 90 pour cent des cancers gastriques peuvent être attribués à Helicobacter. Ce n'est qu'en 1989 que la bactérie a été reconnue comme la cause des ulcères d'estomac et du cancer de l'estomac et ce lien a reçu le prix Nobel de médecine en 2005.

Helicobacter pylori peut se fixer aux cellules épithéliales de la muqueuse gastrique à l'aide de structures adhésives spéciales. Pour se protéger de l'acide gastrique, les germes peuvent utiliser l'enzyme uréase pour augmenter le pH dans leur voisinage immédiat. «Étant donné que les germes produisent également des substances qui endommagent la membrane muqueuse, la colonisation conduit à une inflammation permanente de la muqueuse gastrique», explique le professeur Peter Malfertheiner, directeur de l'hôpital universitaire de gastroentérologie, d'hépatologie et d'infectiologie à la faculté de médecine de l'Université Otto von Guericke de Magdeburg. «Le résultat est une production accrue d'acide gastrique, qui peut conduire à des ulcères gastriques ou duodénaux.» Le diagnostic d'infection à Helicobacter est généralement posé par gastroscopie. Des échantillons de tissus sont prélevés sur différentes sections de l'estomac.

"Comment la bactérie pénètre dans l'estomac et quelle influence elle a sur la communauté microbienne dans le tractus gastro-intestinal n'a pas encore été étudiée en détail", explique le scientifique de HZI, le professeur Dietmar Pieper, chef du groupe de travail "Interactions et processus microbiens". «L'estomac humain avec son environnement hautement acide n'est en aucun cas un endroit stérile. Nous savons d'après des études antérieures que non seulement la bactérie résistante H. pylori est capable de coloniser la muqueuse intestinale. D'autres types de bactéries ont également été isolés du suc gastrique. »Aujourd'hui, on sait que le tractus intestinal supérieur abrite une communauté bactérienne complexe. Cependant, les connaissances sur la biodiversité microbienne des personnes infectées par Helicobacter sont encore très limitées par rapport aux personnes en bonne santé. «Cela pourrait nous donner des informations sur la question de savoir si le rôle cancérigène d'Helicobacter est seul ou en raison de son influence perturbatrice sur les soi-disant commensaux, les voisins inoffensifs et utiles dans l'estomac», explique Pieper.
Le but de l'étude conjointe des chercheurs du HZI avec l'OVGU Magdeburg était donc de réaliser un inventaire continu du microbiome de sujets individuels de la cavité buccale à l'intestin grêle. «Nous nous sommes particulièrement intéressés aux micro-organismes qui acheminent la salive de la cavité buccale dans le tractus intestinal et à leur capacité à coloniser la muqueuse gastrique», explique Pieper.

Pour l'étude, le microbiome du tube digestif supérieur a été examiné chez 24 patients, dont huit avaient une infection détectable à Helicobacter pylori. Au total, plus de 120 échantillons de patients ont été prélevés dans la cavité buccale, l'estomac et le duodénum. En utilisant les dernières méthodes de séquençage et des analyses bioinformatiques approfondies basées sur les profils d'ARN, les chercheurs ont pu déterminer en détail quels microorganismes étaient métaboliquement actifs dans les stations individuelles.

«Dans nos enquêtes, nous avons pu démontrer que chaque personne a un profil microbiologique très individuel qui traverse constamment les régions du tractus gastro-intestinal supérieur», explique Dietmar Pieper. Au total, plus de 600 soi-disant phylotypes ont été détectés dans les échantillons. La communauté des microorganismes se composait principalement de Firmicutes, Bacteriodetes, Proteobacteria, Actinobacteria et Fusobacteria. «Si Helicobacter pylori était présent, il a rapidement dominé toute la colonisation de la muqueuse gastrique. En outre, une infection à H. pylori affecte également la communauté des microorganismes du duodénum et de la cavité buccale », explique Pieper.

Dans d'autres études, les chercheurs examineront maintenant dans quelle mesure la colonisation bactérienne dans la cavité buccale joue un rôle important dans la sensibilité aux infections à Helicobacter. La modification du microbiome bactérien dans le duodénum due à une infection à H. pylori dans l'estomac pourrait également avoir un impact significatif sur le développement de maladies intestinales.

Publication originale:
Les assemblages bactériens actifs du tractus gastro-intestinal supérieur chez les individus avec et sans infection à Helicobacter. Christian Schulz, Kerstin Schütte, Nadine Koch, Ramiro Vilchez-Vargas, Melissa L.Wos-Oxley, Andrew P A Oxley, Marius Vital, Peter Malfertheiner, Dietmar H Pieper.doi: 10.1136 / gutjnl-2016-312904

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